Tahmin edebileceğiniz üzere çizgi romandaki konu oyunda da neredeyse birebir kullanılmış (hafif süslemeler olmuş). Oyuna karakterlerimizi tanıyarak başlıyoruz. 5 ana karakter var. Fantastic 4 ve onların baş düşmanları Dr. DOOM. Fantastic 4'da ise başta Mr. Fantastic lakaplı dahi bilimadamı Reed Richards, onun sevgilisi olan Invisible Woman (Görünmez kadın) lakaplı Susan Storm (Sue Storm), onun kardeşi Alev Adam lakaplı Johnny Storm ve arkadaşları Ben Grimm (Thing, Taş Adam).

Oyuna çok kaliteli bir video ile giriş yapıyoruz. Yerde yatan Dr. Doom'a doğru "acaba öldü mü, ama niye, nasıl?" diyerekten yaklaşan Fantastik Dörtlü, Dr. Doom'un bir anda müthiş bir şok dalgası saçarak kalkması sonucu kendilerini yerde bulurlar. Sadece Sue ayaktadır ve Dr. Doom'un artık bitti diyerek saldırısına koruma kalkanıyla karşı koyar. O anda hikayemizin başına dönüyoruz ve olayları en baştan yaşıyoruz. CEO Von Doom Endüstrisi; Araştırmacı bilimadamı Reed Richards, bilimadamı Dr. Victor Von Doom, genetik araştırma uzmanı ve yöneticisi Sue Storm, test pilotu ve astronot Johnny Storm ve Nasa'dan test pilotu ve astronot Ben Grim. Karakterleri ve neci olduklarını gördükten sonra hikayemizin devamını izliyoruz. Ben Grimm ve Reed Richards hariç diğer ana karakterlerimiz Von Doom Endüstrisinde görevliler.

Endüstri sahibi olan Dr. Doom bir uzay araştırma gezisi için Dr. Reed Richards'la bir anlaşma yapar ve geziyi yapacak ekip kurulur. Bu ekip sonradan Fantastic 4'lü olacak grup ve Dr. Doom'dan oluşmaktadır. Fakat bu araştırmada bazı terslikler olur ve oluşan patlamalar sonrasında tüm ekip kozmik ışınlara maruz kalırlar. Aslında çizgi filminde burası daha iyi anlatılmıştı; her karakter kozmik ışınlara maruz kaldıklarında ne durumda iseler o hali almışlardı. Patlama sonrasında Ben Grimm ağır bir cismin altında kalmış ve onu tüm gücüyle kaldırmaya çalışıyordu ve o yüzden çok güçlü bir yaratığa dönüştü. Sue Storm bir yerde sıkışmış ve ezilmişti. O yüzden görünmez kadın oldu (bağlantılı). Reed Richards'ın da bacakları bir cismin altında kalmış ama oradan zor durumda olan sevgilisine uzanmaya çalıştıgından esnek adam olmuştu. Johhny ise patlamayla oluşan alevlerin arasında kalmış ve alev adam olmuştu.

Oyunda ise, fazla detay gösterilmeden, hepsi bir şekilde bu özelliklere kavuşurlar. Dr. Doom da bir şekilde o özelliklere kavuşur. Zamanında sevdiği kadın Sue Storm'un kendisine değil de Reed Richards'a aşık olmasından dolayı Dr. Richards'a ve onun etrafındakilere gizlice büyük bir nefret duymaktadır. Fantastic 4 kurulduğunda ise, kendisi de kavuşmuş olduğu kozmik gücünü onlara düşmanlık yaparak kullanmayı tercih etmiştir. Reed, Sue ve Johnny kozmik ışınlara rağmen görüntüsel olarak değişmezken, Von Doom'un yüzü büyük ölçüde tahrip olmuş ve maskeyle dolaşmak zorunda kalmıştır. Fakat en büyük ve kendisi açısından üzücü değişim ise Ben Grim'de olmuştur. Taştan, çirkin bir deve dönüşmüştür.