Kurak çöl gezegeni Kharak'a yollanmalarından kısa bir süre sonra Sürgündekiler geçmişlerini ve teknolojilerini unuttular. Yıldızlara tekrar ulaşmaları 3,000 yıllarını aldı. Hiper-uzay ve gerçek "ev" lerinin yerini terkar keşfetmeleri üzerine, Kharak veya Kiith birleşip onları "eve" götürecek bir uzay gemisi inşa ettiler. Tam gitmek üzereyken, onları ilk başta o gezegene süren Taiidan İmparatorluğu tarafından saldırıya uğradılar. Sürgündekilerin hiper-uzay teknolojisini bulmalarının yasak olduğu gerekçesi ile bütün gezegeni yaktılar. Sadece uzaydakiler kurtulabilmişti.

Bu gereksiz katliam imparatorluğun gerekçelerini sorguladı, ana geminin cesur savaşı ve kaçışı imparatorluğun içinde bir iç savaş yarattı. Bu iç savaş içerisinde, ileri bir ırk olan Bentusi'lerin de yardımı ile Sürgündekiler "ev"lerini, imparatoru ve korsan paralı askerlerini yenerek, tekrar ele geçirdiler.

Hikayemiz burada bitmiyor tabi, daha yeni başlıyor. Hiigara'daki son savaştan beri değişen çok şey oldu. Uykularından uyanan Kushan'lar eski gezegenlerinin çok ötesinde yeni bir düzen kurmakla sorumluydular. Kith konseyi yeniden toplandı ve Hiigara'da hayat yeniden düzenlendi. Tabi bu arada eski gemimiz hala Hiigara'nın yörüngesinde, her kith için ayrı gemi yapan bir atölye olarak kullanılmaya devam etti. Bütün teknoloji ve kaynaklar konseyin elinde olduğundan kithler gemi yapımı ve teknoloji için Bentusi ile anlaşarak egzotik gemiler ürettiler.

Siz Kith Somtaaw'ın kontrolü altında olan böyle bir gemi, bir maden gemisi, Kuun-Lan'ı kontrol ediyorsunuz. Oyun siz normal bir kaynak toplama gününü geçirirken, yeni kurulan Taiidan Cumhuriyetinin bir saldırısı ile tekrar Hiigara ya çağrılmanızla başlıyor.

Sonra bütün evreni tehdit eden tekno-organik ırk "The Beast"i yenmeniz ile bitiyor. Bütün bu arada olanlar oyunu alacak ve oynayacaklar için. Çünkü bir sonraki adımda ne olduğunu bilince oyunun pek bir zevki kalmıyor.