Yıl 2032. Dünya, tarihinde ilk kez gerçek barışa kavuşmuştur. Artık tüm insanlık bir "dünya uygarlığı" yaratmak için hepbirlikte hareket etmektedir. Derken birgün bombalar düşmeye başlar. Kaynağı ise Pasifik Okyanusundaki bazı adalardır. Bu adalarda yeni dünyada kendilerine yer bulamamış ve dışlanmış, eski güçlerini ele geçirmeye çalışan zorbalar, eski diktatörler ve para babaları askeri güç oluşturmuşlardır. Amaçları ise dünyayı savaş ekonomisiyle yönetilen nefret dolu eski haline getirip tekrar güçlenmektir. Yeni dünya ise bu saldırılara karşı koymak bir yana, savaşı unutmuş ve silahlarını bırakmıştır bile.

Tüm bunlara karşın yeni dünyanın hala bir ümidi vardır. Eskiden kalan ve okyanusun dibinde yatmakta olan son bir savaş kruvazörü. Bu geminin en büyük özelliği ise üzerinde taşıdığı ve tanklar, saldırı helikopterleri, uçakları saniyeler içinde üretebildiği "nanofactory"dir (Nanofabrika. Nanoteknoloji hakkında bir fikri olanlar ne demek istendiğini daha kolay anlayacaklardır). Geminin bir diğer özelliği de mürettebatının beyinlerine yerleştirilmiş implant'lerin (oyudaki adı: Soulcatcher Chip) gemi batarken devreye girmiş ve hepsinin duyguları, yetenekleri, kişilikleri vb. her türlü bilginin gemi bilgisayarına aktarılmış olmasıdır. Bu bilgiler ise şimdiye kadar kimse tarafından ele geçirilememiştir.

Dünyayı içinde bulunduğu durumdan kurtarabilecek tek şey olan bu süper gemiyi devreye alacak bir sinyal gönderilir ve geminin güç rezervlerinde kalmış olan son enerji kırıntısının bir kısmıyla mürettebattan tek bir kişi yaratılır. Geminin nanofabrikası adamın Soulcatcher Chip'i ve okyanustaki doğal maddeleri kullanarak ona bir vücut yapar. Bu adam geminin kaptanıdır, yani siz! Diğer çipler ise geminin diğer görevlileri için kullanılacaktır. Fakat bunlara birer vücut yapılmayacak, nanofabrikada üretilen tüm araçlar için yapay zeka olarak kullanılacaktır.

Oyuna başladığınızda bu konu biraz daha hikayeleştirilmiş olarak aktarılıyor. Merkezde bulunan iki kişiden görevlerinizi ve detaylarını alıyorsunuz. Toplam yirmi görev var ve tamamı pasifikteki adalar etrafında geçiyor. Bölümler ilerledikçe dünyayı eski haline getirmek isteyen eski zorbaların arkasında yabancı bir ırkın varlığını öğreniyor, görevinizi başaramazsanız bunun dünyanın ve insanlığı sonu olacağını anlıyorsunuz. Başarmak için ise elinizdeki tek koz süper geminiz Antaeus. (Antaeus, Yunan mitolojisinde deniz tanrısı Poseidon'un yarı-tanrı dev oğludur)

Açıkçası oyunun konusu da kendisi gibi biraz sıradışı. Bunun nedeni de oyunun oynanış tarzı. Türü, ne tam bir strateji, ne de action; ikisi bir arada. İki farklı arayüz var; ilki oyunun beklemeye alındığı ve kararlar için istediğiniz kadar zaman harcayabileceğiniz Antaeus'un komuta arayüzü. Burada komutanız altındaki birimlere taktik emirler verebiliyor, merkezden gelen emir ve brifingleri alıyor ve sürekli olarak eklenen teknolojileri kullanarak yeni araçlar ve savaş makinaları üretebiliyorsunuz. Diğeri ise Soulcatcher çipleri takılmış yapay zekalı araçları izlediğiniz, istediğinizde kontrol ettiğiniz ve oyunun action kısmını oluşturan araç kontrol arayüzü. Oyuna ilk başladığınızda nasıl oynanacağını anlamak biraz zaman alsa bile bu süre sonunda işin göründüğünden çok daha kolay olduğunu anlıyorsunuz. Hatta, basit olan ilk birkaç bölümde bu arayüz ve kontroller adım adım anlatılıyor.