Seçim çalışmalarına katılmak üzere Pakistan'a dönüş kararı alan Butto'ya karşı, El Kaide örgütünün saldırı tehdidinde bulunması üzerine, Müşerref, Butto'nun dönüşünü ertelemesini ve yüksek mahkemenin kendisiyle ilgili af istemine ilişkin kararını beklemesini istedi. Bu isteğe uymayan Benazir Butto, 18 Ekim 2007 gecesi, 8 yıllık sürgünden sonra Pakistan'a geri döndü. Ancak yandaşlarının sevgi gösterileriyle karşılanan Butto aynı gün bombalı bir suikast girişimine hedef oldu. Karaçi kenti yakınlarında gerçekleşen ve Benazir Butto'nun yara almadan kurtulduğu bu saldırıda 138 kişi yaşamını yitirdi, 248 kişi de yaralandı.
Butto, 27 Aralık 2007 tarihinde Ravalpindi'de düzenlediği seçim mitinginin ardından gerçekleştirilen saldırıda hayatını kaybetti. Bir intihar saldırganı, mitingin ardından aracının açılır tavanından çıkıp halkı selamlamakta olan Butto'nun aracına yaklaşarak, üç el ateş etti. Yaptığı üç atışı da isabet ettiremeyen saldırgan, ardından üzerindeki bombaları patlattı. Patlamanın şiddetiyle başının sağ tarafını aracının sunroofunun koluna çarpan Benazir Butto hastaneye ağır yaralı olarak kaldırıldı.[3] Kafatasında kırık oluşan Butto ameliyata alındı; fakat kurtarılamadı.Butto'nun yerel saatle 18:16, Türkiye saati ile de 15:16'da öldüğü açıklandı.[4]
Saldırıdan sonra suikastın sorumluluğunu El-Kaide üstlendi.[5] Ancak birkaçgün aradan sonra Pakistan İçişleri Bakanlığı'nın iddiasının tersine, suçlanan El-Kaide liderlerinden Beytullah Mahsud suikastle ilgisi olmadığını öne sürdü.[6] Saldırıda en az 20 kişi öldü, çok sayıda kişi de yaralandı.
Butto´nun ölümünden sonra, devlet başkanı Pervez Müşerref, ülkede üç günlük yas ilan etti. 8 Ocak 2008'de yapılması planlanan Pakistan genel seçimleri öncesinde gerçekleşen suikastin ardından ülkedeki demokrasinin geleceği konusunda endişeler bulunmaktadır[7]. Ülkede alınan bir karar neticesinde seçimler 18 Şubat 2008 tarihine ertelendi.